Подскажите, будет ли возможно снимать деньги с карты выпущенной в Кыргызстане (банк Кыргызстан) в Баку? И если да, то какая комиссия?

Снимать можно, смотря в каком банкомате. Комиссия рассчитывает от карты вашего банка и банкомат в котором вы будете обналичивать. Если не uzcard то можете ею спокойно расплачиваться. Хотя возможно и uzcard работает в Баку.