Скажите пожалуйста а можно ли въехать в Литву на поезде с Питера (РФ заграном и украинским загранником )

Думаю что да. На сам поезд вы можете сесть с паспортом РФ А выйти предоставив паспорт У.

У Украины вроде безвиз, если я не ошибаюсь, так что теоретически можно.

Да, если загран Украины биометрический, тогда безвиз.