Подскажите, в консульстве рф на кипре при записи на прием нужно выбрать окно номер 2 или окно номер 3. разница то в чем?

Ни в чем. В номере только.

3 окно обслуживает меньше людей в день. Если я не ошибаюсь. Так что я бы брал второе.

Если вдруг есть где-то свободный слот и / или подходящая дата, там и берите.

Как повезет. Жене выбрал — третье, а себе — второе. Ей предложили слот на 3 недели раньше, чем мне, дело было в начале лета.