Подскажите. Перелёт Москва -Пекин-Шэньчжэнь. Одна авиакомпания. Имеется китайская виза. Это ведь получается не транзит?

Не транзит. В Пекине, по прилёту. Да, раз билеты есть.

У АК уточняйте, будет ои выдача багажа в пекине и нужно ли заново региться на рейс пекин шэнчжень.

И еще : если будет задержка мск пекин, и вы не успеваете пекин-шэнчжень. АК обязательно поменяет бесплатно билет. Не суетитесь, по прилету идите на их стойку и общайтесь, но как правило они уже до вашего прилета в пекин поменяют вам билет на полет по китаю на другое время. В китае задержать рейс на час - норма.