Получен второй загран паспорт, нужно как то 90-дневную евизу переносить в него или можно из Вьетнама выехать по старому, а на границе Таиланда показать новый вообще без штампов.?

Не подскажу, как быть с вьетнамской визой (вообще не знаю на эту тему), но точно знаю, что в Тай нужна в паспорте виза/штамп страны, из которой летите. То есть, если из Вьетнама в Тай напрямую - обязательно вьетнамская виза должна быть.