Скажите, в Грузии есть специальная процедура оплаты счетов с ИП на ИП в ТБС? Или оплатить можно просто трансфером?

Просто трансфером, но всегда лучше указывать назначение платежа, которое соответствует направлению деятельности ИП, если это перевод по бизнесу.