Болгарская Виза дана с 05.07 по 17.10. - это больше 90 дней. Но провести мы в Болгарии можем не более 90 дней верно?

Да! 90 дней в период с 05.07 по 17.10.

У вас в самой визе написано сколько дней вы можете провести в болгарии.

Вам правильно написали. У вас может быть и 10 и 14 и 30 и 90 дней.