Подскажите уведомят ли меня, если мне аннулируют временную регистрацию в киргизии? Планирую делать через третьих лиц, оказывающих подобные услуги и опасаюсь что регистрацию отменят после оплаты.

Нет.

Не отменят.

По закону, регистрация не подлежит отмене.

все делают через третьих лиц, просто лично присутствуйте, в ЦОНе это делают с вашим паспортом при вас же, нет схемы по которой это отменяется потом.