Скажите, если консульскую прошли как супруги, а после решили развестись, можно ли сразу оформлять развод в стране исхода или это повлияет на получение документов в Израиле?

Лучше сначала получить документы, конечно.

Негативно повлияет скорее всего. А в случае получения гражданства вторым супругом не имеющим права на репатриацию адвокаты не рекомендуют разводиться в течение 3х лет, иначе приобретенного гражданства могут лишить.

Только после получения гражданства оформлять развод, если один из супругов нееврей и хочет получить гражданство. Это не очень честно, конечно, но как есть. Байки про лишение гражданства после развода после репатриации есть и технически это возможно, но на практике никого гражданства уже не лишают.