Подскажите, пожалуйста, кто сталкивался с тем, что бухгалтер помимо месячной оплаты, берёт деньги за документы на продление внж Черногории? Справка из налоговой, переводы и т. д.

Так это не сопровождение фирмы а продление вашего ВНЖ. Это совсем другая работа. И кстати ее не обязательно выполнять вашему бухгалтеру. Это процесс совершенно не связанный с обслуживанием фирмы.

Тут два варианта. вы можете сделать это сами, а можете получить другим людям (бух в вашем случае) за определённую плату.

Да, конечно, дополнительно оплачиваются все дополнительные работы, выполняемые бухгалтером. Всё прописано в договоре оказываемых услуг.