Можно ли летать на территории России с заграничным паспортом Российской Федерации?

Можно.

ФЗ N 114 «О порядке выезда из РФ и въезда в РФ» ознакомьтесь. Но вроде как можно, если билет куплен по загранкику и регистрация тоже.

Список разрешённых документов для перелёта по России • паспорт гражданина РФ; • загранпаспорт; • дипломатический паспорт; • паспорт моряка; • служебный паспорт (кроме паспорта моряка и дипломатического); • паспорт иностранного гражданина; • свидетельство о рождении (для детей до 14 лет); • удостоверение личности военнослужащего; • удостоверение личности лица без гражданства; • временное удостоверение личности, выдаваемое органами внутренних дел; • военный билет военнослужащего срочной службы; • вид на жительство иностранного гражданина или лица без гражданства; • паспорт гражданина СССР; • свидетельство о возвращении из стран СНГ; • справка об утере паспорта. У разных перевозчиков требования могут отличаться в зависимости от их правил и гражданства пассажира — советуем до покупки билета уточнить у перевозчика, можно ли лететь по вашему документу.