Подскажите, пожалуйста Могут ли возникнуть какие-то проблемы при репатриации, если в России у нас остаётся кредит?

Если не платите за кредит то наложат запрет на выезд. Если будете погашать то живите хоть на марсе и платите за него. Кредит же дается на покупку квартиры или машины.

Нет. Если исправно платите и нет просроченных платежей. Запрет может быть в том случае, если в отношении Вас ведётся процесс и есть постановление ФССП. Проверьте заранее на сайте по ИНН или паспортным данным.