Можно ли полететь с Пафоса в Европу если заехал на пароме через северный Кипр и если имею Бельгийское гражданство? Спасибо.

Это незаконно, но для граждан ЕС пограничники на такое могут закрыть глаза.

Можно, но это незаконно. Просто с вами ничего нельзя сделать.

И с бельгийским паспортом в пафосе автоматический контроль - возможно, вас никто ничего и не спросит.

С Бельгийским паспортом можете, как хотите, в любую сторону ехать через Северный Кипр, ограничений нет.