Я еще далека до подачи на гражданство в Болгарии, но меня очень мучает один вопрос.

Подавали оригиналы. Можно подать дубликаты, но тогда их не вернут. Про нотариальные копии все пишут про такой опыт, на практике берут оригиналы. Может, дядя как-то на месте договаривался? Как вариант, если вам на время рассмотрения дела понадобятся эти документы, можете подать оригиналы, а потом затребовать дубликат. Или наоборот. Но рекомендую подавать оригиналы. Больше шансов избежать сложностей.