Подскажите пожалуйста, а если муж подается на визу d3 в Португалию , то жена и ребёнок отдельными слотами подаются? или все в одной заявке, где они просто дописываются в конце как сопровождающие?

Жена и ребенок подаются в этом случае на д6 визу в один день с основным заявителем.

Каждому члену семьи нужна отдельная запись на подачу - основному заявителю на его визу, остальным - на визы соповождающих, В этом случае вся семья вместе подаётся в дату основного заявителя.