Я только прилетел в Португалию , а летел через Амстердам, штамп поставили только там , а по прилете в Лиссабон ничего не поставили

Если у вас остался посадочный талон, то обязательно принесите его в SEF. Другой вариант — заселиться в отеле, чтобы вас зарегистрировали и отправили информацию об этом в SEF (попросите в отеле документ, подтверждающий регистрацию). Оба варианта работают в качестве доказательства въезда в страну.