Подскажите если есть египетская долгосрочная виза, чартером улететь тоже нельзя, только регулярным рейсом?

Только регулярка.

Виза не при чём. На чартере можно улететь соблюдая ряд условий: прилетели чартером, вылетаете из того же города, куда прилетели, находились в стране не более 28 дней (84 для белорусов на Белавиа).