По прилету в Москву из Бангкока потерялся багаж. Могли ли его не пропустить из-за AirPods внутри чемодана.

Даже если что-то запрещённое находят в багаже, то проводят доп осмотр с понятыми - изымают, составляют акт и суют в чемодан и чемодан отправляют куда он должен был лететь, могу на след день и через. У Вас скорее он просто потерялся.