У кого нибудь есть опыт смены фамилии при получении теудат зеут? Если есть, хотела спросить сталкивались ли с какими то неудобствами из-за разницы в фамилиях в рф(или другой страны) документах?

Никаких проблем. Новая фамилия - это для Израиля и для стран, где светишь даркон, для РФ есть паспорт РФ и про смену фамилии им знать ваще не обязательно...

Проблема будет, если родите в Израиле ребёнка и захотите ему оформить российское гражданство. Российские госорганы не будут считать, что родитель с другим именем в метрике ребёнка - это вы.