Подскажите, пожалуйста, есть ли ограничения по году выпуска долларовых купюр, принимаемых на Сейшелах?

Да. До 2009 берут не везде, а где берут - с дисконтом.

Менял у индусов в спортивном магазине, который в STC, валюту 2002 года, на год они даже не смотрят.

Да, ограничения в обменниках принимают доллары только нового типа (после 2013 года); могут быть так же проблемы с обменом купюр в 500 евро.