Скажите, если отправлять в ЮАР на нерезидентскую FNB карту свифтом из-за рубежа перевод не со своего счета, а со счёта друзей-партнёров, не заблокируют?

Если предоставить документ, что это за деньги, то все ок должно быть. Нерезидентский счёт для того и открывают, чтобы принимать переводы не из ЮАР и расходовать в ЮАР. Как вариант, если сумма большая, отправить на счёт компании, тогда вопросов точно не должно быть.

Я бы посоветовал предварительно написать в non-resident department FNB во избежание ненужного волнения.