Подскажите пожалуйста, если въехать в Словакию по визе Д и подать документы на ВНЖ, но справке о несудимости с апостилем будет чуть больше 3 месяцев, так примут?

Не примут, максимум 89 дней. Заказывать только в России. Справка действует 90 дней и никак не больше.

Уточняйте, что въезд по визе Д. Многие спрашивают можно ли подать документы, если въехать по визе С.

Поскольку пока не отменили в Словакии mimoriadna situácia, то если вы привезли справку хоть в последний день действия, ее должны принять. А также вы можете заказать справку о несудимости с апостилем в РФ в одном из коммерческих сервисов, и получить ее по почте на адрес в Словакии, например, курьерская 40 евро стоит.

Никаких проблем заказать справку с апостилем сразу через Госуслуги.