Поступила на очную учебу в одном городе Аргентины, прописка ( домисилио) - в другом, далеко. Смутит ли это миграсьонес при подаче документов?

Конечно.

Да, скорей всего. Если запись в БА, а живёте в Ла Плата, скажем, или в Люхане, может не смутить, так многие ездят учиться. А вот про другие города не знаю. Если учитесь в Тукумане, а живёте в Сальте, наверняка смутит.