ПОдскажите, пожалуйста, работают ли в принципе в Германии (в частности в Берлине) маленькие магазины с самого утра, часов 6-7? Или раньше 9 ничего не найти?

Должны работать, Эдека у нас (но я не в Берлине) открывается в 7 утра. Это как раз меньшая проблема, более проблема это найти что-то что работает вечером.

Работают, но Берлин большой гугл карты тебе в помошь.

В гугл картах можете посмотреть открытые магазины в 6 утра.

Смотря где. Чаще всего мелкие магазины работают по ночам и к этому времени могут закрыться. В 8 уже открываются супермаркеты.