Подскажите пожалуйста , может кто сталкивался, если есть нарушение шенгенской визы на 5 дней, как мальтийские таможенные службы к этому отнесутся?

Нет, простая невнимательность.

@Denis: Идите в иммиграцию полицию, хлопните себя по лбу, они простят и поставят штамп продления, выехать через пару дней ( скажите им на когда есть билеты). Иначе на границе нарушение запросто влепят со штампом не приезжать пару лет.