Пожалуйста, скажите, можно ли въехать на машине в Хорватию с шенгенской словенской визой? Какие могут быть последствия, учитывая то, что это будет первый въезд в шенгенскую зону после выдачи визы?

Если виза многоразовая, можно с любой страны въезжать. На 1-2 въезда если выдана - могут и развернуть обратно либо потом следующую не дадут/будут придираться.

Все зависит какой способ въезда вы указали при получении визы. Если на машине, то вопросов не будет.