А если бы мы купили разными отдельными билетами разные а/к и надо было получать багаж в Пекине, то выпустили бы в город без визы как меня россиянина, так и филиппинку?

Филиппинку точно не выпустят. У граждан этой страны нет возможности 3-дневного транзита, только 24 часа, а практика показывает, что крайне редко выпускают в город, если менее 24 часов. Всё на усмотрение пограничника.