Подскажите, пожалуйста, если я работаю инженером в фирме, которая теперь попала в санкционные списки, будут ли у меня проблемы при иммиграции в Канаду??

Может быть дополнительный секьюрити скрининг, ну и зависит от того, чем компания занимается - если, например, напрямую изготовлением оружия и т. п., то могут быть проблемы. Если просто под санкции попали, то пока прецедентов с отказом только по этой причине не было.