Где в аэропорту Сейшел разрешение на въезд надо будет оплачивать? Будет какое-то окно для оплаты при прохождении границы?

Самое первое окно это оплата разрешения!

По прилёту, вы все будете проходить очередь видео-сканирования, кто не оплатил, того автоматически направят на стойку оплаты. Вас сориентирует сотрудник аэропорта. На всякий случай напомню, что те, кто летит Аэрофлотом, в стоимость билета включён это сбор.

Если Вы летите не Аэрофлотом и не удалось оплатить иностранной картой на сайте, то по прилёту Вас сканер направит на стойку оплаты, это произойдёт само, всё будет очень мило и понятно.