Буду признателен рекомендациям по выбору района для краткосрочной аренды квартиры в Токио. типа на 10-14 дней. арендовать буду через AirBNB.

Посмотрите в metroresidences у них обычно короткий срок от месяца, но может что то есть и на 2 недели. Выйдет дешевле чем эирбнб. По районам в первый раз я бы остановился в Асакусе (старый Токио) или в райне Гиндзы. Центра как такого нет, есть много отдельных точек притяжения. Посмотрите по карте куда вам откуда ехать и сколько по времени и тд.