Если подал документы на визу португалии с одним паспортом, но потом его поменял и уже на рассмотрение пришёл с другим, так можно? Просто у паспорта срок уже подходит к концу.

А как у вас его приняли тогда? Просто скан нужен был, чтоб его у вас не забирать. А тут вы приносите новый паспорт, они про него не знали, на самой визе номер паспорта указан же, и апрув именно на конкретный номер. Приходите со старым и новым, вклеют в старый.