В Японии работает карта юнион пей? Могу ли я в РФ закинуть рубли, а в Японии снять йены или расплачиваться картой?

Сможете снять. Но платить мало где получится.

Работает (на снятие - хорошо, на оплату - очень избирательно), но не от любого российского банка. Некоторые банки карты этой платёжной системы выпускают, но за рубежом они не работают.