Подскажите, пожалуйста, сможет ли гражданка Франции с русской визой пересечь на автобусе границу Вильнюс-Минск? Пустят ли её в РБ, чтобы затем она ехала в РФ на поезде?

В Россию на поезде она ехать не сможет. Так как в этом поезде нет погран. контроля, вам нужен международный пункт пропуска. Так что остаётся только самолет Минск - Москва. По поводу автобуса не знаю.

Для въезда в Беларусь нужно будет оформить белорускую визу, если будет только РФ, то с автобуса высадят сразу при просмотре паспортов в автобусе.