Если у меня в свидетельстве о моем браке указана моя национальность не латышка ( указана мамина национальность)

Попробуйте поменять, к вам могут быть вопросы, да. В анкете надо писать, что вы латышка конечно же.

Для программы репатриация ваша национальность не имеет значения.

Не помешает получить репатриацию по отцу. Но лучше, конечн, если бы у Вас в документах была национальность латышка, тогда не нужно ждать пять лет, если захотите натурализоваться.