Есть ли в Португалии районы, которые лучше подойдут новичку для адаптации, или в случае ВНЖ это зависит от государственных квот на заселение районов?

Про квоты тут не слышал. Ориентируйтесь, как везде в мире, что в больших городах дороже, но больше понимают английский и более развитая инфраструктура.