Я подавал на ВНЖ, в литовскую службе довал одну Эл почту а на нашу местный визовый центр другую почту это меняет ситуацию?

Да везде почта должна быть одна у меня тоже было так похоже ситуация была мы с сестрой на одной почте были, потом в Мигрис отправили мою отдельно.