Подскажите, пожалуйста, если поменяли работу, т. е. это вторая работа на Кипре в течении 3х лет, остаётся ли скидка 50% на налоги?

Скорее всего да, но нужно больше данных. По какому правилу изначально получили 50% скидку (23 или 23А), были ли когда-нибудь резидентом Кипра до трудоустройства, сохраняется ли на новой работе уровень ЗП под соответствующее правило.