Подскажите пожалуйста, когда делаешь визу в Японию , её могут выдать не на те даты, когда у меня куплен билет ? Или такого не бывает.

По идее выдаётся на даты пребывания в стране с запасом в сколько-то суток.

Виза выдаëтся на 90 дней с момента выдачи. В том смысле, что Вы должны въехать в Японию в течение 90 дней после еë получения. Под конкретные даты виза в Японию не выдаëтся.

Её дают на срок от даты подачи.