При заполнении заявления на загран паспорт на 5 лет, есть графа Субъект и Район, что там писать? Бишкек это какой Субъект и какой район? можно оставить эти графы пустыми?

Там образцы должны быть в ЦОН.

Я оставила пустыми, заявление приняли.

Бишкек это город. Ни субъектом, ни районом он не может быть. Ничего не заполняете. А вообще образцы должны быть в ЦОН.