Подскажите, если у меня Д виза на 120 дней Португальская действующая, я могу полететь из Португалии на Finnair в Финляндию без транзита в РФ, а просто в Финляндию съездить как турист. Меня пустят без проблем на самолет с РФ паспортом?

Можете.

Мне сказали в консульстве пт в сербии (где я получал визу), что виза д национальная и ее нужно использовать только для въезда в пт самолетом или транзитом, другое использование (как шенген) - запрещено.

Распечатайте себе документ Еврокомиссии на всякий и езжайте на здоровье.