Можно ли подать один из двух действующих загранпаспортов на визу во Францию, а не оба? То есть можно ли подать оригинал одного и ксерокопии другого?

Можно. Для этого часто и делают второй загран, чтобы пока одна виза оформляется можно было по второму путешествовать.

Подаете один паспорт, который считаете нужным (у вас же была какая-то задумка, зачем оформлять 2 паспорта), никаких ксерокопий второго не надо.

Можно, только обязательно копию другого действующего паспорта приложить надо.