Такой вопрос: прилетаю в Португалию по израильскому паспорту. В Шенген влечу в Афинах с пересадкой в 3 часа. Нужно ли что-то предусмотреть в качестве доказательства своего легального въезда кроме билетов? Кто-нибудь так прилетал?

Штамп в паспорте будет вашим доказательством, ещё можно, если есть NIF при покупки билета на автобус/поезд или оплате такси/рентакара его указать. Это будет первая дата его использования - не поспорить, если она совпадает с датой в штампе из Афин.

Я бы для подстраховки "переночевал" одну ночь в любом отеле чтобы они гарантированно сообщили в SEF.