Скажите, кто знает, есть ли проверки на границе между Латвией и Эстонией? Могут ли не пустить?

Совершенно точно могут остановить полицейские выборочно. Но пустить должны, тем более если ваша цель - домой в рф.

Проверки могут быть, но не пустят вас столько если у вас документов нет или они не в порядке.