Порекомендуйте проверенный алгоритм действий) пришли уведомления от мигрис о готовности карточек ПМЖ, а у нас закончились визы, мы в Мск. Чтобы теперь их забрать какие визы можно сделать в Мск и что для этого нужно?

Запишитесь на получение и укажите, что заберёт другой человек и его данные. Он Вам передаст в Москву.

Или как вариант, бегом в визовый, оформляйте визу Д. Она бесплатная если есть подтверждение о готовности ПВНЖ. Вам все равно надо будет прописку в Литве делать.

Вы напишите в миграцию, обьясните ситуацию, там вам более точно ответят. Да и будет предоставить ответ от самой миграции, в случае чего, Как говорится не на словах будет сказано.