Подскажите , пожалуйста, можно ли при пересечении границы использовать разные паспорта при двойном гражданстве?

Не можно, а надо. Двойного гражданства нет, это два разных гражданства.

Так вам волей-неволей придется это делать. Вы же не предъявите на финской границе российский паспорт, там визы нет. И наоборот.