Планируем прилетать в Джакарту и оттуда местными авиалиниями до Денпасара. VoA где оформляется? И есть ли нюансы по внутренним перелётам для иностранцев?

Оформляется при пересечении границы Индонезии, вашем случае - это Джакарта, что под нюансами имеется ввиду не оч понятно, ибо voa она и придумана для иностранцев исключительно.