Может кто знает как получить визу в Японию находясь в Корее гражданам РФ?

Никак, гражданам России японцы дают визы в России.

Если у вас нет причин долговременного прибывания в другой стране (ВНЖ, рабочая или студ виза), то вы долны вернуться в РФ... или пробовать сделать это через визовое агенство, но при этом вы должны направить в РФ свои паспорта по которым не видно, что вы выехали из РФ, а обратно не въехали.