На сайте gov. il написано, что справка об отсутствии судимости должна быть действительна пол года до репатриации, но в РФ дают сейчас только на три месяца - что делать?

Справка о судимости для КП и для мвд действует полгода от даты выдачи.

В РФ ставят дату выдачи, в течение 3-х месяцев вы можете справку забрать. Срок годности устанавливает принимающая сторона. Т. е. 6 мес.