Подскажите, кто-нибудь летал на Кипр через Ереван с греческим внутренним паспортом и российским загранпаспортом (греческого заграна нет) на таможне в Армении пропустят?

Не должны пропустить. 80 евро за визу в российский паспорт риск остаться куковать в Ереване явно не стоит. Хотя там тоже можно вкусно и интересно провести время.

В Армению въезжаете и выезжаете по паспорту РФ, на Кипр влетаете по греческому ID.