Можно ли долететь из Германии в Вильнюс и сесть в Кяне на поезд из Калининграда в Москву? Меня к поезду там вообще пустят и в вагон, если там таможня и досмотр?

Никаких проблем не должно быть, если куплен билет на поезд на загран РФ. При посадке в Москву таможня на перроне или в вокзале, потом проход в свой вагон и пограничный контроль уже в вагоне.

Если есть билет на поезд, то пустят (так как этот билет вы можете купить только будучи гражданином РБ иои РФ)

Я летаю из Германии до Каунаса, а потом еду в Вильнюс и в Кену, там соотвественно сажусь в поезд. С визой д, а потом уже с внж никаких проблем не было.